Objetivo General.
El curso proporcionará una visión de la teoría y métodos filogenéticos necesarios para el análisis de la variación de caracteres, sean morfológicos o moleculares. Se revisarán los fundamentos filosóficos, epistemológicos y metodológicos para la proposición de hipótesis de homologia primaria. Se aplicarán métodos para el examen cuantitativo de la variación en análisis de la correspondencia entre caracteres, identidad de estados y su codificación. Se revisaran las posiciones filosóficas y los argumentos metodológicos en la decisión de usar modelos de parsimonia o probabilísticos (verosimilitud, Probabilidades posteriores Bayesianas) en la reconstrucción filogenética para la clasificación de entidades históricas. En este curso, el estudiante conocerá la teoría y los metodos especializados de investigación filogenética para el análisis de caracteres y la evaluación de hipótesis de reconstrucción filogenética.
Objetivos específicos
El alumno:
1. Entenderá los fundamentos filosóficos, epistemológicos y metodológicos del análisis cladistico de caracteres morfológicos y moleculares.
2. Aplicará las metodologías más importantes usadas actualmente para resolver la correspondencia entre caracteres, la identidad de estados y la codificacion respecto a modelos de cambio.
3. Aplicará diversos modelos de cambio entre estados para la buena ejecución de la búsqueda y selección de cladogramas óptimos bajo criterios de parsimonia, verosimilitud y probabilidades posteriores Bayesianas.
4. Identificará problemas teóricos y metodológicos en el análisis de caracteres y de árboles filogenéticos.
5. Aplicará métodos filogenéticos avanzados en la elaboración de su proyecto de tesis.
Fechas y horario:
Inicia lunes 13 de Abril, 2009. Termina jueves 18 de Junio, 2009
Lunes de 12 a 13:00, Martes de 9:30 a 13:00, Jueves de 9:30 a 14:00
Evaluación:
La evaluación final será la combinación de tres aspectos:
i. Un exámen escrito al término de la semana 6 (30% )
ii. Presentación oral de un artículo a la clase a partir de la semana 2 a la 9 (30% )
iii. Presentacion oral y el manuscrito de un ensayo durante la semana 10 del curso (40%)
Número máximo de participantes en el curso: 12.
Las inscripciones están abiertas a todos los interesados. Estudiantes externos, por favor escríbanme 
para iniciar el contacto con la oficina del Posgrado del INECOL.
El curso se abrirá ÚNICAMENTE si se inscriben, por lo menos, tres estudiantes del posgrado del INECOL.
Introducción:
Texto para introducir los conceptos generales de homología, grupos monofiléticos, estrategias de búsqueda, criterios de selección de árboles óptimos bajo parsimonia, verosimilitud y probabilidades Bayesianas. 
Programa:
El programa preliminar de clases diez semanas se presenta aqui
Libros de apoyo al curso:
Referencias:
Los artículos para consulta general se proporciona en la lista: "BIBLIOGRAFIA"
Lecturas:
Artículos seleccionados para lectura se proporcionan en archivos PDF.
Clases:
Las presentaciones de las clases y ejercicios se proporcionan en archivos PDF. Estos recursos están disponibles en un directorio de acceso restringido a los participantes del curso mediante una combinación de usuario y palabra clave. 
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