PROGRAMA
semanas
clase #
Clases y laboratorios
L: Lunes 12 a 1 pm; M: Martes 9:30 a 1 pm; J: Jueves 9:30 a 2 pm.
Lecturas recomendadas
abril 13
L: 1
M: 2
J: 3
Introducción. Hipótesis sobre Caracteres, Estados, Grupos.
Conceptos, Métodos y Algoritmos. Parsimonia, Verosimilitud y Probabilidades Bayesianas.
Homología Filogenética. Apomorfia, Plesiomorfia, Homoplasia, Polaridad y Sinapomorfia.
semana 1
abril 20
L: 4
M: 5
J: Lab
Caracteres y Estados. Identidad y Codificación de Estados. Métodos numéricos.
Alineamientos y codificación de indels.
Variación de caracteres y alineamientos.
semana 2
abril 27
Clases suspendidas (por precaución debido a brote de influenza)
mayo 4
Clases suspendidas
mayo 11
L: 6
M: 7
J: Lab
Modelos para Pesos a Caracteres y Estados.
Modelos de cambio para morfología y secuencias.
Matrices de modelos de cambio y pesos de caracteres y estados (MacClade, Mesquite, PAUP y ModelTest).
semana 3
mayo 18
L: 8
M: 9
J: Lab
Linajes, Cladogramas. Espacio de los árboles.
Estrategias de exploración. Consensos, índices de resolución.
Parsimonia y consensos con WinClada, TNT, PAUP (Mac & Win).
semana 4
mayo 25
L: 10
M: 11
J: Lab
Criterios de optimalidad. Parsimonia.
Criterios de optimalidad. Verosimilitud y Probabilidades Bayesianas.
Métodos probabilísticos con PAUP y Mr. Bayes (Mac & Win).
semana 5
junio 1
L: 12
M: 13
J: Lab
Métodos de evaluación (1). IC, IR, DD, g1, PTP, ILD, BS, JK, ppB, t-PTP, BT.
Métodos de evaluación (2). Templeton, K-H & S-H tests, LRT, AIC, BIC, consistencia, eficiencia, robustez.
Evaluación de matrices y árboles.
semana 6
junio 8
L: 14
M: 15
J: Lab
Parsimonia mejorada: Homología dinámica.
Matrices de Sankoff, métodos de optimización directa (OD, SBO, IBO), Alineamiento implícito.
POY (Windows XP & Vista)
semana 7
junio 15
L: 16
Comparación de árboles dentro de la Biogeografía Cladista. Conceptos básicos: cladograma taxonómico de áreas, cladograma resuelto de áreas y cladograma general de áreas. Supuestos: “0”, “1” y “2”.
semana 8
M: 17
Filogenia de áreas y parásitos/hospederos. BPA y PACT.
J: Lab
PACT (Phylogenetic Analysis for Comparing Trees). junio 22
L: 18
M: 19
J: 20
Filogenómica: filogenias de genes múltiples y genomas.
Filogeografía: redes de genes y especies.
Comparación y distancias entre árboles. Fusión de árboles heterogéneos. Superárboles con parsimonia y verosimilitud (MRP y MLST).
semana 9
junio 29
L: 21
M: Lab
J:
Matrices concatenadas y modelos heterogéneos con parsimonia y métodos probabilísticos.
Análisis de estabilidad ante códigos, pesos y modelos heterogéneos.
Presentación de artículos y/o proyectos semestrales.
semana 10
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