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Curso
avanzado: "Análisis
Filogenético: Teoría y Práctica"
Presentación:
La
Willi Hennig
Society (WHS) ha organizado ya varios talleres internacionales
sobre cladística (Finlandia,
República
Checa,
EUA).
En Latinoamérica se han realizado uno en Argentina
(2002) y dos en Brasil (2008, 2010). Este será el primero en México.
Profesores:
El
curso intensivo será dictado por investigadores de primera línea en el
campo de la teoría y métodos filogenéticos. Participará una combinación
de al menos cuatro o
cinco profesores, miembros de la
WHS.
Objetivo
del curso:
El curso-taller proveerá instrucción teórica y experiencia
metodológica. Ayudará a los participantes con antecedentes básicos en
los análisis filogenéticos a asimilar ideas y métodos avanzados.
También propiciará el contacto con investigadores de nivel
internacional.
Temario/Syllabus:
Day 1: Introduction
* Logic and history of phylogenetics
* Optimization and tree search
* Ambiguity, Weighting, Support
* Using WinClada, Nona
* Advanced search strategies, TNT
Day 2: Morphology
* Morphological character coding
* Cladistic character coding
* More powerful searches
* Diagnosing troublesome results
Day 3: DNA sequences
* Handling DNA sequences (GenBank, Muscle)
* Alignment
Day 4: Dynamic Homology
* Dynamic homology
* Direct Optimization and Alignment
Day 5: Likelihood and Bayesian
methods
* Model-based phylogenetics
* Model-based Exercises, Garli, MrBayes
Reconocimiento
oficial:
El curso y taller intensivo tendrá un valor curricular de 40 horas (4
créditos). Se tramitará una constancia como documento oficial, para los
participantes que lo necesiten, a través de la Secretaría del Posgrado
del INECOL.
http://www.inecol.edu.mx/index.php/posgrado
Podrá
acreditarse como "curso a nivel posgrado" o equivalente (por ejemplo:
"Actividad Complementaria" para la UNAM).
Participantes:
El curso está dirigido principalmente para participantes de México y la
región Latinoamericana, pero también se abrirá a interesados de Estados
Unidos, Canada y otros países. Esencialmente éste taller se dará en
substitución del ya famoso "OSU workshop on phylogenetic methods".
Requisitos:
El
curso es para
estudiantes de posgrado, pero también esta abierto a investigadores y
especialmente a profesores
de sistemática.
Los participantes deberán estar familiarizados con los
métodos
filogenéticos,
o al menos, ya haber tomado un curso básico con
anterioridad. El curso será impartido en
Inglés, por lo que es necesario tener un buen dominio de ese idioma.
Costo:
El
costo para estudiantes es de US$300 (o $3000
pesos mexicanos) y US$400 para
investigadores o profesores (o $4000 pesos mexicanos). Este solo
incluye el pago de
la inscripción. No incluye transporte, estancia, alimentos, ni ningun
otro gasto.
Este
costo no aplica
en el caso de los estudiantes
internos del INECOL y de
otras instituciones con Convenio vigente con el INECOL. La estructura de
pagos es la siguiente:
Estudiantes
del INECOL = 0
Estudiantes
de posgrados con convenio (ej. UNAM) = 0
Estudiantes
de posgrados sin convenio = 50%
Estudiantes
dirigidos por investigador del
INECOL = 0
Otros
estudiantes = 100%
Esta información
deberá ser corroborada en la guía oficial vigente (guía de descuentos y condonación de pago, PDF) en el momento de la
inscripción.
Becas:
La
WHS ofrecerá un número limitado de becas para cubrir el costo de
inscripción a quienes lo soliciten. Las becas se adjudicarán
competitivamente. Las becas no
cubrirán
costos de transporte,
estancia, alimentos, ni nungún otro gasto.
Cupo:
El
límite de participantes es 25. Las solicitudes completas se evaluarán
competitivamente por un comite ad hoc. Los interesados recibirán un
correo electrónico con
una decisión sobre su solicitud. La inscripción solo se abrirá para los
aceptados.
Cómputo
y software:
Los
programas para la parte práctica del curso se distribuirán en un CD. Los programas
incluidos son: WinClada, Encino, Mesquite, TNT, PAUP*,
Clustal, POY, RaxML, GARLI, y MrBayes.
Algunos se presentan en versiones exclusivamente para Windows,
otros existen en versiones para Linux, Windows y Mac, y otros más solo
para Macintosh.
Cada
participante necesitará dos computadoras: una con Windows y otra con
MacOS.
En la Sala
de Cómputo habrá disponibles 10
PCs con
Windows
para
quienes las soliciten. Tambien habrá disponibles 15-20 MacBook Pro 13".
En
el "Formulario
de Solicitud",
cada solicitante deberá indicar si requiere reservar las
computadoras (PC y/o Mac) de la Sala de Cómputo, o si tendrá a su
disposicion equipo
personal (PC,
Mac, o
ambas) para la semana del curso. Si solo disponen
de una Macintosh,
entonces sería conveniente installar en ésta el
sistema operativo Windows (XP o
Vista) bajo
VMWare Fusion o Parallels.
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